線画のレイヤー化と同じ作業をします。

「選択範囲を読み込み」→「反転」→ 「新規レイヤー作成」→「描画色で塗りつぶし」です。
塗りつぶす色はとりあえずここでは青。

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透明部分の保護にチェックを入れて、 抽出した部分をグラデーションで塗りなおします。

この絵の場合の色は左下（光源と逆）から青→紫→赤→ピンクです。 赤系はかなり彩度が高い色を、青系は彩度を落とした色を選んでいます。

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塗り終えたらクリッピングマスクの作成。
レイヤーモードを「ソフトライト」に、不透明度を50％に設定したのち、クリッピングマスクの結合。

結合した色調補正レイヤーをコピー。 「フィルタ」→「ぼかし（ガウス）」でぼかしをかけ（4pxくらい）、 トーンカーブで明るさとコントラストをがっつりあげます。

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レイヤーモードを「乗算」、不透明度を20％に設定。
※瞳の部分がぼけるのはよくないので、瞳の部分は消しゴムで消しておきます。

さらにそのレイヤーをコピー。
今度はレイヤーモードを「スクリーン」、不透明度を15％に設定します。 この二つのレイヤーもクリッピングマスクの作成をしておきます。

新規レイヤー作成+クリッピングマスクの作成。
レイヤーモードを「ソフトライト」に、不透明度を80％に設定したら、暗くなりすぎた 滑車の部分が明るくなるよう薄い赤で塗ります。

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逆に瞳の部分は明るくなりすぎたので、青で塗ります。
適宜色を選んで、色調補正していきます。

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補正が終わったらベースレイヤーを選んでクリッピングマスクの結合。